El Fondo Nacional de Desarrollo de la Educación Peruana (FONDEP) fue creado por la Ley General de Educación en 2004, con su respectiva ley y reglamento, Decreto Supremo N° 005-2005. El R.P Ricardo Morales Basadre fue el presidente fundador en el periodo 2006-2012.

En 2006, el FONDEP inicia sus funciones como institución que apoya el financiamiento de proyectos de innovación y desarrollo educativo que propongan y ejecuten las instituciones educativas.