El Programa “Escuelas que Innovan, Niños que Aprenden” ha sido concebido en dos etapas, cada una de ellas con el desarrollo de actividades prioritarias:
Primera etapa: Generación de condiciones en las instituciones educativas para la implementación de los Proyectos, con una duración de seis meses.
En esta etapa se generarán las condiciones básicas para que se implemente el programa, por lo cual se brindará asesoramiento en implementación o fortalecimiento de su Proyecto Educativo Institucional –PEI-, se propenderá al desarrollo del liderazgo del director, se fomentará la mejora del clima institucional y se encausará la formulación de Proyectos de innovación pedagógica.
En esta primera etapa las instituciones educativas formularán sus Proyectos de innovación o mejora pedagógica para la cual se contará con un equipo de asesores técnicos compuesto por 8 profesionales de los cuales 6 brindarán asesoramiento técnico en lo pedagógico a los docentes en la formulación de sus Proyectos de innovación y 2 profesionales brindarán asesoramiento técnico administrativo en la formulación del presupuesto del Proyecto innovador. Los mencionados profesionales tendrán como función principal brindar el acompañamiento continuo a cada una de las IE para la mejora de su gestión educativa.
Los Proyectos de innovación pedagógica formulados por las instituciones educativas participarán en un proceso de selección pública basado en criterios y lineamientos determinados en los documentos legales del FONDEP.
Segunda etapa: Ejecución de los Proyectos en las IE.
Esta etapa está referida a la ejecución de dos Sub-Programas: El Sub-Programa de Fortalecimiento de Capacidades para la Gestión Educativa de Calidad y el Sub-Programa de Desarrollo de Capacidades de Comprensión Lectora.
En esta etapa las instituciones educativas implementarán sus Proyectos de innovación pedagógica teniendo como temática el desarrollo de capacidades de lectura. Los directivos y docentes participarán en las actividades de formación.
El asesoramiento en la segunda etapa, a diferencia de la primera, dirigida a la institución educativa, se orientará hacia los docentes. En la medida que se encontrarán participando en el programa 174 docentes y 58 directores.